查全和查准文献

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科研
文献检索
B站ID：做科研的大师兄

来源：BV1x44y1D7e7

概述：如何查全文献

• 通过文献检索，把我们想要的东西全面地查找出来，做到没有遗漏
• 方法：pubmed主题词检索+高级检索
• 应用场景：课题开题阶段，确保你的研究对象是别人没有研究过的；不会经常用到

一些基础概念

主题词

• 人工定义的一个词汇，在以主题词检索的时候会关联到所有的同义词
  
  

副主题词

• 在主题词的范围下，再进行限定的词，比如“肺癌的治疗”，“治疗”就是副主题词

主题词和同义词的确定

• 输入主题词的同义词去进行检索，反之也是，输入了主题词，主题词相关的同义词就可以在搜索页面被找到了

查全文献的方法：组建检索公式

速读/复习

• 第一次学习的请跳过这个部份，直接看下面的描述

  检索公式： 主题词检索+所有主题词的同义词的高级检索

主题词检索：((主题词1/副主题词[MeSH]) AND (主题词2[MeSH]))

• 记得在中间加OR，两个搜索部份之间用OR链接

  主题词的同义词高级检索：((主题词1的同义词1[Title/Abstract]) OR (主题词1的同义词2[Title/Abstract])) AND (副主题词的同义词[Title/Abstract]) AND (主题词2的同义词[Title/Abstract])

详细描述

• 要加入同义词的原因：一篇文站被pubmed收录后，并不会立刻产生与之相对的主题词，而是需要进行人工注释，这个过程存在时间差
  
  
• 我们的操作思路：
  • 首先确定肺癌的主题词和巨噬细胞的主题词
  • 肺癌主题词下“治疗”的副主题词
  • 肺癌所有的同义词+治疗的同义词+巨噬细胞所有的同义词
  • 开始组装公式
• 主题词的确定：用NIH下的”MeSH”数据库，搜索结果排名第一的通常就是
  
  • 同义词的确定：找到主题词对应的网页以后，点开，观察”Entry Terms”相关字段：
    
• 副主题词的确定（回到刚才的主题词搜索结果界面，找”Subheadings”字段）
  
• 开始组装公式
  • 公式的组成部份1：主题词，”[ ]”内的内容为MeSH
  • 组成方法：

    (主题词1/副主题词[MeSH]) AND (主题词2[MeSH])

  • 公式的组成部份2：主题词的同义词，”[ ]”内的内容为Title/Abstract
  • 组成方法

    （(主题词1的同义词1[Title/Abstract]) OR (主题词1的同义词2[Title/Abstract])）#每个部份之间要加额外的括号，以保证连接词AND/OR的适用范围是正确的
    AND #这里没有必要换行，只是为了展示清晰所以换行了
    ((副主题词的同义词1[Title/Abstract]) OR （副主题词的同义词2[Title/Abstract]))
    AND
    （(主题词2的同义词1[Title/Abstract]) OR (主题词2的同义词2[Title/Abstract])）

  • 公式的两个部份之间的连接词：OR
  • 补充：therapy这个副主题词的同义词：therap*，其中的“ * ”是截词符，意思是所有以这个字母开头的都算
• 一些操作图形化界面的示例（如果不想自己手敲公式，虽说熟练了其实手敲公式会更快）
  • 选中”therapy”字段，然后在右侧的”PubMed Search Builder”区域点击”Add to search builder”
    
  • 对于巨噬细胞这个不需要副主题词的字段，我们直接点”PubMed Search Builder”区域的”Add to search builder”就可以了
  • 好，到目前为止，我们已经完成了所有主题词和副主题词的部份，接下来开始操作同义词的部份，保留主题词的标签页
  • 将”All Fields”改为”Title/Abstract”，然后依次从之前的主题词网页中复制/粘贴所有同义词，并调整”ADD”区域的条件为”Add with OR”，注意调节关键词
• 公式的组装：主要讨论括号和连接词AND/OR的使用方法
  • 括号的语法：
    • 每个”[ ]”都要搭配对应的”( )”
    • 每个AND/OR之间要有额外的”( )”，以确定连接词之间的内容作为一个整体被处理
  • 连接词的使用
    • AND：用来连接同种类的每个部份，e.g. (主题词1部份) AND (主题词2部份)；(主题词1的同义词部份) AND (主题词2的同义词部份)
    • OR：用来主题词部份和同义词部份之间的连接，e.g. (主题词部份) OR (主题词的同义词部份)
• 把写好的公式丢进pubmed搜索框就可以了

概述：查准文献

• 特点：准确性和高效性
• 方法：pubmed高级检索+google搜索+图片搜索
• 应用场景
  • 课题设计时查文献支持证据、找逻辑关联（通路和表型、基因与通路之间的关联）
  • 数据分析挑选下游和上游机制切入点；通路或靶标（基因与基因、基因与通路之间的关联）
  • 特定实验步骤、结果的展示（实验方法和
• 什么是高级检索：在pubmed中用Advanced去检索，用各种条目去限定我们输入的关键词应该出现在文献的哪个部份
• 查准实战：高级检索+谷歌搜索
  • 特定基因在某一种疾病中的研究：e.g. TP53在肺癌中的研究，在PubMed的搜索框中输入：

    TP53* AND (Lung Neoplasm[MeSH])

  • 课题设计时查文献支持证据，找逻辑关联（通路和表型、基因与通路之间的关联）：TP53、Wnt信号通路、metastasis
    • 用google去搜索（不要用百度）
    • 分子与通路 分子与表型 通路与表型都要搜，然后去看联系
  • 数据分析挑选下游和上游机制切入点：通路或靶标（基因与基因、基因与通路之间的关联）：TP53、YAP1、metastasis
    • 用google去搜索（不要用百度）
    • 分子与分子 上游和下游与表型的关系都要搜，然后去看联系