- 展示的数据来自预印本文章
- 上图展示的是Loupe Browser的界面，可以发现HE染色的偏左上角的一块区域被彩色的点所覆盖，这就是Visium HD的捕获区所在的位置（使用CytAssist仪器）
- 适当使用鼠标放大后，得到上图；这些彩色的点对应不同的细胞类型，也就是cluster；这些cluster是使用是Graph-based算法得到的无监督聚类分析的结果
- 我们可以Loupe Browser下方的”Differential Expression Output”中找到不同cluster之间的基因表达差异，包括哪些基因高表达和哪些基因低表达，可以点击不同的cluster栏去看到相关的结果
- 我们可以根据高表达的基因对这些细胞进行注释（比如直接在Cluster X，X代表数字中去修改每个cluster的名字），也可以调低页面中的”Spot Opacity”选项，根据HE切片上的形态学染色去确定细胞的类型
- 可以使用feature按钮去观察我们感兴趣的特征（比如基因表达特征、UMI count等等）
- 讲者补充了一点：可以使用co-expression区域，去同时观察两个特征（比如在这里同时使用了Untitled List:EPCAM这个上皮marker和Untitled List 1:MYC这个癌基因marker去筛选出肿瘤所在的区域），如下图所示
- 接着，对于成纤维细胞fibroblast，作者在图中观察到了两群分散于不同位置的成纤维细胞，位于图中右下角的一群聚集在一起的形态有些异常（生长不规律，分化差），见下图所示：
- 我们可以使用拉索工具分别选中这两群细胞，创建为不同的group，比如左上角相对比较规矩的那群命名为”Earlier Stage”，右下角比较恶性的那群命名为”Advanced”，就像下图所展示的这样：
- 补充：对UMAP图的介绍
- 如果我们去观察这两群细胞在UMAP降维图上的结果，会发现这两群细胞有一定的相似性（具体表现为没有完全重合），也可以说UMAP图没能分出这两群细胞来
- 我们可以尝试对这两群细胞进行差异基因表达分析DEG，然后去观察差异表达的基因（比如进行GO-KEGG分析或GSEA-GSVA分析）
- 肉眼分析的结果：在Advanced组有更高的Wnt信号通路，受体-配体信号通路和基质金属蛋白酶MMPs的高表达，这些信号通路已经有文章验证出他们在结直肠癌中高表达
- 我们可以导出差异表达基因，进行后续分析（差异表达基因分析导出的是.csv格式的文件，图片导出的是PNG或SVG格式的文件）
