- FFPE样本在病理科样本中广泛存在，但由于RNA降解严重，限制了对样本的探索
- Flex-支持FF(但要甲醛固定)/FFPE的单细胞
- 支持多个样本混样，减少批次效应
- 比较：如果RNA降解严重（比如数年的FFPE），只要能符合质检标准，也能出数据
- 固定、细胞穿孔、加入探针
- Flex-探针based，这样才能对降解的RNA进行有效的分析，oligo-dT based是不行的
- 质检要求：DV200>30%，数值越高RNA越完整，样本降解越少
- Cytassist V2 (分辨率55μm)
- 数据表现优于V1，支持抗体染色
- 同时检测转录组和蛋白的同时处理：35个抗体的panel
- 支持FFPE样本的空间转录（visium）
- 6.5✖️6.5，或11✖️11
- 还可以分析蛋白的信号
- 质检要求：DV200>30%，数值越高RNA越完整，样本降解越少
- 非常特殊的情况下（组织异质性比较强的情况下，DV200>20%也能用）
- Visium HD（推荐的技术，提高了分辨率）
- 亚细胞水平（2μm），细胞直径常常在5-15μm之间
- 方形空间单位，无缝隙衔接
- 支持FFPE
- 数据解析可以自己定，通常输出8✖️8或16✖️16
- 不支持蛋白检测
- 与V2的数据一致性很高
- Xenium ——原位测序
- 华大的Stereo-seq
- 可以定制芯片
- 兼容FFPE
- 可以检测微生物与宿主
- 可以检测non-coding RNA
- 随机引物策略-检测效率低
- 数据表现OK
- 空间蛋白组学-CODEX
- 高分辨率，检测100+蛋白质
- 全息空间蛋白组
- 总结，这些技术都支持FFPE样本
- 分析方法
- 案例1:
- Xenium平台
- 基于显微切割的空间蛋白
- 提高FFPE样本成功率
- 单细胞平台
- 质检：DV200>30%，但只是其中的一个影响因素
- Quality control：PI染色+显微镜，比较暗的区域不要计入，只计数比较量的点就好
- 解离的细胞核-探针杂交-洗掉杂质
- 空间转录的质量控制
- 有没有替代的样本可以实验
- 样本的其他信息
- 延迟固定
- 细胞核收缩-DNA凝结-组织形态消失（细胞中RNA和蛋白降解）
- FF：不能直接丢液氮进去，FF样本做空转上HD比较少
