beadchip 表达谱芯片的特点

上样量低：每个芯片在一轮反转录的情况下仅需50-200ng RNA；
重复性高且检测通量大：
- 微珠芯片（beadchip）技术和“无序自组装”方式，每种探针的微珠有的30倍重复；
- “片中片”的设计等特点保证微珠芯片的高重复性和低批次差异性
特异性高
数据准确性高
检测的费用相对低廉

beadchip 表达谱芯片制备的基本原理和步骤

这里我们讨论的主要是Sentrix Beadchip，但还有另外一种Sentrix Array Matrix，SAM
Beadchip 主要由硅片Silicon Slides，也叫Silicon Wafer，和二氧化硅硅珠两部份组成，硅片是微珠的容器
一张成品Beadchip一般可以分为1-16个反应池，可以分别检测对应数量的样本，反应池内就是经过制作的硅片，通过一定的技术蚀刻出若干个小孔，每个小孔的尺寸都在微米级，正好容纳一颗微珠
微珠是芯片最核心的地方，微珠的体积很小，也只有微米级，每个微珠的表面都各自耦联了70万个某一种相同序列的DNA探针，也就是形成了一个长满了DNA链的“毛珠”；一个反应池内，检测一个样本，大概有30个同样序列的微珠
- “毛珠”上面的DNA探针的长度大概是73个nt，包括2个功能区域
  - Address序列：靠近珠子，是DNA的5’-端，识别微珠的标签序列，通过碱基排列，也就是4^23，可以得到微珠的“身份证号码”
  - 探针序列：远离珠子，是DNA的3’-端，可以与待测cRNA形成互补杂交
  - 这两者是一一对应的关系
在Illumina生产芯片的过程中，要把做芯片的上万种微珠，按照预定的比例进行混合，挂到硅片上；微珠会随机地落在小孔当中，然后通过检测每个小孔的address序列，就可以知道该微珠是负责检测哪个转录本的了
由于微珠是随机分布在每一个孔内的，世界上没有任何两片Illumina芯片是完全相同的，出厂时每片Illumina芯片都会带上一个地址文件，标注每一张芯片的每一个微孔当中分别是哪种微珠；完成实验，得到扫描数据后，要从Illumina下载这张芯片对应的地址文件，把探针序列转化为address序列，才能解读这张芯片