选择的文献
二元变量的论证套路
- 常见的主变量( A )：药物或分子；常见的因变量( B )：分子或通路
论证步骤
- A调节表型（单变量论证）
- A调节B（二元变量论证）
- B调节表型（已知可跳过或单变量）
- A调节表型依赖B（回复论证）
补充：关于miRNA的知识
miRNA的单变量论证套路
- 基础表达差异：不需要进行蛋白水平的检测，无需购买抗体和做western，用qPCR检测RNA的表达水平就可以了
- 正反回复：只要订购短片段的合成RNA就可以了，价格低廉工作方便
- 与功能基因研究套路不同的是，miRNA的gain-of-function叫mimics，loss-of-function叫inhibitor
- rescue：因为miRNA的常见作用是负调节下游的靶基因，所以常见的回复实验套路是同时过表达下游基因和miRNA，或者同时干扰下游基因和miRNA的表达
- 直接机制：luciferase assay
- 位点验证：突变与3’-UTR结合的区域，看还不能结合
复习：读文章套路
复习：回复实验策略
- 人为改变两个变量的水平，而改变的趋势和他们原来的调控关系相反
- Step 1:
- Step 2:
- 正正反，正反正；反正正，反反反
- 第一个正反：上下游分子之间的调控关系
- 第二个正反：对上游分子的调控策略
- 第三个正反：对下游分子的调控策略
文章1
读题目
- abstract里提到了PI3K-AKT pathway
反推假设
- 自噬与神经毒性的相关性论证一般可以省略
Fig.1
- 分子操作的实验
Fig.2
- cell viability-细胞水平的结果，细胞活性的实验，MTT法检测细胞增殖，疾病+过表达的组，细胞增殖显著降低
Fig.3
- 细胞水平的结果
- A图和B图都是凋亡流式
- C图是用免疫荧光观察凋亡，疾病+let-7a过表达组细胞明显固缩，提示凋亡增加
Fig.4
- LC3，Beclin-1，p62都是细胞自噬的明星分子，所以是细胞水平的实验
- 以上的结果说明，let-7a是促进自噬的
Fig.5
- 细胞水平，自噬表型相关实验
- Fig.5D分组变了，3-MA是自噬的抑制剂，所以是rescue实验，这里用的回复策略是“正正反”
Fig.6
- 开始进入机制的内容了，涉及了PI3K/mTOR信号通路
- Fig.6A用western检测通路中明星分子，Fig.6B-D是对应的定量结果
Fig.7
- 通路与自噬的关系，分子机制的研究
- Fig.7整张图分组出现了IGF-1，是PI3K/Akt/mTOR通路的激活剂，是rescue实验，回复策略用的是正反正
- Fig.7B-C是Fig.7A的统计结果，用western检测PI3K-Akt通路的明星分子
- Fig.7D-E用流式检测细胞凋亡，let-7a负调控PI3K/Akt信号通路，所以回复实验的策略是“反正正”，Fig.7F使用免疫荧光检测细胞凋亡，也就是对Fig.7D-E的结果的验证
- Fig.7G-H使用western检测细胞自噬
数据小结
- 论证套路：有过表达，没有敲减，有两步回复
- 有分子水平和细胞水平，没有动物水平
文章2
- 关注题目中的via：因果嵌套
- 在abstract里看到了NF-κB：分子+通路的二元变量结构
- atopic eczema-湿疹
初步推断的科学假设和论证套路
Fig.1
- 基础表达，用qPCR检测
- Fig.1B检测的那堆炎症因子是用来建立细胞模型的，炎症组的miRNA是显著降低的
Fig.2
- 直接机制的研究
- RELA是p65的基因名称，p65是NF-κB信号通路的明星分子
- Fig.2A-B都是分子操作的验证
- Fig.2C是一正一反，验证分子与通路的关系
- Fig.2D是miRNA与靶基因的结合位点
- Fig.2E是小RNA结合下游基因的直接证据，荧光素酶报告基因实验，结合位点的验证
Fig.3
- 细胞表型的结果
- Fig.3A：用qPCR检测NF-κB的下游基因
- Fig.3B：用qPCR检测了一堆细胞因子的mRNA水平，Fig.3C是用ELISA检测这堆细胞因子，得到的结果是一样的
Fig.4
- reverse effect-rescue实验
- Fig.4A分组变了，同时操作两个分子提示可能是rescue，最重要的是同时敲减P65和miR-124，rescue回复的策略是“反反反”
- Fig.4B是组织qPCR，提示炎症组一堆细胞因子的mRNA都上升了
- Fig.4C是相关性分析，miRNA和p65呈负相关
数据小结
- 分子+通路的二元变量结构
- 论证套路上有基础表达+正反回复
- 数据维度上有细胞+组织，有直接机制，没有动物
文章3
反推作者的假设逻辑
- 用EMT介导耐药——有表型嵌套
Fig.1
- EMT相关的细胞表型结果
- Fig.1A：CCK-8检测细胞增殖
- Fig.1B：流式检测细胞凋亡
- Fig.1C-D：检测细胞形态，发现细胞由“圆滚滚”变成长梭形
- Fig.1E-F：用qPCR和western检测EMT相关marker
Fig.2
- Fig.2A通过创伤愈合实验发现细胞迁移增加
- Fig.2B通过transwell实验发现细胞侵袭增加
- Fig.2C：失巢凋亡实验，耐药株细胞聚集成团，细胞凋亡减少
- Fig.2D：流式检测凋亡
- Fig.2E：western检测以CD44为主的，肿瘤干性marker，耐药株干性增强
Fig.3
- 分析CNTN-1与EMT之间的关系
- Fig.3A-D：操作验证，其中A-B是过表达的验证，C-D是敲减的验证
- Fig.3E-F：过表达CNTN-1，检测EMT marker的表达
- Fig.3G-H：敲减CNTN-1，检测EMT marker的表达
- Fig.3I：分别过表达和敲减CNTN-1，观察细胞的形态
- Fig.3J-K：分别过表达和敲减CNTN-1，观察细胞的增殖和凋亡
Fig.4
- Fig.4A-B：分别过表达和敲减CNTN-1，观察细胞的失巢凋亡和凋亡流式结果
- Fig.4C-D：分别过表达和敲减CNTN-1，观察细胞迁移和细胞侵袭能力
Fig.5
- 机制研究，涉及信号通路了
- Fig.5A-B证明CNTN-1调节信号通路，分别加减CNTN-1，观察明星分子的变化
- Fig.5C加入通路抑制剂，逆转表型，注意不是rescue
- Fig.5E也加了通路抑制剂，验证PI3K/Akt通路调节EMT
- Fig.5F-H负责验证PI3K/Akt调控的其他表型，增殖、侵袭、迁移等等
Fig.6
- 动物实验
- Fig.6A-C是裸鼠成瘤实验，把shCNTN细胞接种到老鼠体内，然后喂药，结果发现先天敲减组的细胞变小了
- Fig.6D在动物水平证明了CNTN-1调通路，敲减CNTN-1后PI3K/Akt信号通路受到了抑制
- Fig.6E-F论证了CNTN-1与EMT的相关性，Fig.6G是HE染色的切片
Fig.7
- 动物实验
- 敲减CNTN-1后，转移瘤显著减少了
小结
- 论证内容没有rescue
- 数据来源没有组织
