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外泌体-miRNA研究套路 Lesson 8 文章作图详解

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使用的文献:Hypoxic lung cancer-secreted exosomal miR-23a increased angiogenesis and vascular permeability by targeting prolyl hydroxylase and tight junction protein ZO-1

Fig.1

Fig.1a

  • 字体比例失调:Normoxia/Hypoxia
  • HIF-1ɑ的WB条带分辨率不够,像素很低,导致图像的颗粒感很明显,作为对照的tublin像素和分辨率都充足,即便将图片放大,图像质量依然可靠
  • 不同杂志对图片像素的要求是不同的,一般而言,灰度图至少要求达到300dpi或以上,彩图需要达到600dpi或以上,具体在做图时需要满足的要求见期刊的投稿说明。

Fig.1b

  • 标尺太小,即便将Fig.1b放大,也还是看不清Fig.1b三张小图的标尺信息,我们在上一讲介绍过,在鉴定外泌体时,外泌体的直径是非常重要的信息,如果图片太小,看不清标尺的话,就没有办法对实验中展示的外泌体尺寸大小获得准确的信息
  • Fig.1b的第二个问题是箭头的配色,在3张透射电镜的图片背景下,这种图片的比色较深,呈现出灰黑色,所以应当在图片展示时使用浅色,甚至是白色的箭头,才能获得比较好的结果。但是作者在这里采用的是黑色的箭头,读者阅读的时候真的看不清,阅读体验并不好

Fig.1c

  • 单看图片本身,图片的分辨率和质量都是达标的,字体很统一,字体的大小和对齐也没有太大的问题
  • Fig.1c的问题是图片展示的内容和论文中展示的内容没有足够好的匹配度,作者在文章的Results部份写到,外泌体的所有标志物都在缺氧条件下表达升高,如果我们仔细审视Fig.1c,从肉眼来判断,我们可以发现CD9和CD63的升高并不明显

整张图的排版问题

  • 通过图左右两侧红色的竖线,我们不难看出,作者做到了整张图片的左对齐,但是右对齐做的还不够好,宽度分别是Fig.1a和b>Fig.1c和d>Fig.1e
  • 这样的排版使得图片的右下角出现了大片的空白,所以一种解决方法是适当放大Fig.1c、1d和1e,使右下角的空白被填满,同时做到左对齐和右对齐

Fig.2

Fig.2a

  • 图片的放大倍数不同
  • 放大倍数看左下角和右下角的标尺,上两图的标尺是137μm,下图的是34μm
  • 由于图片的放大倍数不同,图片的尺寸也不同,进而带来了对齐问题
  • 推荐使用相同的放大倍数,这样图片的展示效果是更加相同的,可以使照片排成田字格,整张图片看起来更加齐整
  • 第三个问题是字体大小不同:红色和绿色的”CL1-5 HUVEC”字样
  • 第四个问题:箭头标识错误,根据FigureLegend,箭头所指的区域是被HUVEC所吞噬的外泌体,根据实验原理,HUVEC被标记为绿色荧光,CL1-5细胞来源的外泌体被标记为了红色荧光;因此箭头所指的区域是被吞噬的外泌体的话,那此时应当有荧光共定位的现象,也就是黄色荧光,但是在红圈中箭头所指的部位只有红色荧光,没有绿色荧光,这些红色荧光标记的只是CL1-5来源的外泌体,但不是被HUVEC吞噬的外泌体

Fig.2b

  • 第一个错误是Y轴的标注太长了,按照约定俗成的习惯,Y轴标注的长度不应当超过Y轴本身的长度,如果Y轴标注太长,可以分为两行进行显示
  • 第二个错误在于Y轴的刻度线过于稀疏了,Y轴只有4根刻度线,通常来说Y轴的刻度线保持在5-7根是比较合适的,超过7根刻度线也是不合适的。

Fig.4

  • Fig.4的第一个问题是排版过于突出了,Fig.4a整体偏右,Fig.4b整体偏左,这就导致在排版的时候,整张图片的左上角出现了大片的空白,影响了图片排版的美观
  • Fig.4的第二个问题在于标注过于突出了,我们单看Fig.4a,能发现HUVEC in字样明显在左侧过于突出了,一般情况下图片的标签就界定了图片的最上方和最左侧边界9,整张图片不应当突破标签界定的范围
  • Fig.4a作者想表达的意思是HUVEC细胞分别在常氧和缺氧条件下进行了处理,并且检测了结果,为了完整表达图片的信息,同时又避免过度标注,我们可以在NORMOXIA和HYPOXIA的下方再拉一根横线,标注HUVEC
  • 另一种可以采取的策略是不在图片中标注HUVEC,而是在相应的FigureLegend部位加以说明

Fig.4b

  • Fig.4b左右两张图片检测的蛋白和内参都完全相同,所以更好的处理方法是让western图片保持上下对齐一致。

Fig.5 & 6

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  1. 1. Fig.1
    1. 1.1. Fig.1a
    2. 1.2. Fig.1b
    3. 1.3. Fig.1c
    4. 1.4. 整张图的排版问题
  2. 2. Fig.2
    1. 2.1. Fig.2a
    2. 2.2. Fig.2b
  3. 3. Fig.4
    1. 3.1. Fig.4b
  4. 4. Fig.5 & 6
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