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使用的文献：Long Noncoding RNA PICSAR Promotes Growth of Cutaneous Squamous Cell Carcinoma by Regulating ERK1/2 Activity

可以适当复习[功能基因研究套路 Lesson 9 SCI做图指南]的内容

Fig.1 PICSAR在cSCC细胞内表达上调

问题1：Fig.1b和Fig.1c的Y轴的标题太长，长到超过了Y轴本身的长度；做图中一个约定俗成的关系是，坐标轴标题的长度是不能超过坐标轴本身的长度的，实在太长的，可以考虑分两行显示
问题2：Y轴的刻度太密集，Fig.1c的Y轴刻度太密集了，算上原点一共有8根刻度线，一般而言，Y轴的刻度线（算上原点）应该在5-7根比较适中，超过7根就太密集，小于5根又太稀疏，Fig.1b的刻度线是比较合适的
问题3：相同类型的图片没有对齐
问题4：排版问题
- Fig.1b中，因为cSCC组内还有原发性cSCC和转移性cSCC的额外分组（需要图示加以区分和说明），而Fig.1c中没有这一分组，所以Fig.1b需要的空间大于Fig.1c，Fig.1b不得已侵占了部份右侧的空间，右侧的Fig.1d也相应地缩小了部份的空间，如下图的红框和蓝框所示，视觉上很不协调
调整的方法：信息冗余原则，指有的时候为了图片排版和美观的需要，在图片中添加一些重复或者多余的信息，虽然这样做有画蛇添足的嫌疑，但是至少没有丢失信息，不会给读者理解数据造成影响，甚至还能使图片变得更加美观
- 我们已经明确了Fig.1c是不需要添加图示的，但是我们为了排版的需要，完全可以在Fig.1c这边加上一些图示，正如下图展示的那样，Fig.1c的图示当然有画蛇添足的意思，虽然多余，但至少不会增加读者读图时的障碍，还能保证Fig.1b和Fig.1c在阅读图片时的一致性，可以数据轴、图片和标题对齐，Fig.1d和Fig.1e也有同样的效果，可以实现一个类似田字格的形式
- 需要强调的是，信息冗余原则的关键是冗余，也就是可以增加重复或多余的信息，但是不能为了美观删去必要的信息，比如是不能删去Fig.1b的图示，哪怕在FigureLegend中加以补充描述，就是为了让整张图看起来更好看，这样是不推荐的

Fig.2 PICSAR特异性表达在肿瘤细胞中

问题1：在Fig.2e中，Y轴标题和X轴标题的大小明显不一致，X轴的字体明显更大，这样可以理解，因为Y轴标题的字体如果再大一些就要超出Y轴本身的长度了（这显然是不合适的），而作者也不愿意换行显示，那就只能用更小的字体来显示了
不过，按照约定俗称的习惯，一般我们还是希望X轴和Y轴使用同样的字体和字号
问题2：Fig.2e中百分号的缺失，虽然在Y轴轴标题中已经有percentage这个词了，但是从习惯而言，还是要在Y轴后面加上空格-英文小括号，内含百分号，但是这样一来Y轴轴标题太长，就需要分两行显示
问题3：bar值缺失
问题4：排版问题
- 首先，排版明显不符合阅读的习惯，因为从病理发展的顺序来看，应该是对照NS-AK-cSCCIS-cSCC，但是因为PICSAR在对照的NS下是不表达的，因此作者把NS放在了最下方，然后把AK-cSCCIS-cSCC放在了图片的上方，普通读者的阅读习惯通常是先上后下，先对照后实验，作者的排版方式无疑是与人们的习惯相悖的
- 其次，图片不够对称。三个实验组都采用了两张图+画中画的方式来展示图片，唯独对照组只展示了一张图片，这使得整张图片的板式非常不协调
针对问题4的修改有两种方式
- 第一种如下图所示，针对病理的发展顺序进行排列，而且每种条件下都采用两张图+画中画的方式进行展示和排布，左边的是全局图，右边的是放大的局部细节图，再把Fig.2e的内容等比例放大，放在图片的最下方
- 第二种如下图所示，按照水平排布的方式进行修改，按照普通读者的阅读顺序，从左到右，从上到下，PICSAR原位杂交的结果以2✖️2的方式展示，然后再等比例放大Fig.2e的内容
补充说明：Fig.2e中作者采用了一种比较少见的统计方法，费舍尔精确检验Fisher’s exact test，展现的内容是4组内容用一整个大括号括了起来，这个方法是用来分析列联表统计显著性的检验方法，用于检验两个分类的关联，实际中常常在数据量偏小的情况下使用
在使用Fisher精确检验时，需要先建立一个虚无假设，还需要建立一个对立假设，如果通过统计证明了p<0.05，那么就说明实验数据提供了足够的证据拒绝虚无假设，并且支持对立假设，就本文而言，建立的虚无假设应该是PICSAR在各个病理分组之间没有差异。
通常情况下，遇到分子在不同分组中的表达差异，使用t-test是非常常见的，作者在这里使用Fisher精确检验的原因暂时无法判断

Fig.3 p38 MAPK通路下调了PICSAR的表达

问题1：Y轴标题太长（略）
问题2：字体大小不同意（略）
问题3：内参选择
- 一般性的分子，选择β-actin作为内参是完全正常的，但是在这里，作者需要表征的是蛋白的磷酸化，对于磷酸化蛋白，通常选用总蛋白表达量作为内参，也就是p-CREB和总CREB比，p-ERK和总ERK比
- 大家可以比较一下Fig.4c和Fig.5f，作者在表征p-ERK的变化时，就是用总ERK作为内参的，但是偏偏在Fig.3中选择了β-actin作为内参，这不得不说时不合适的
问题4：图片没有对齐，主要说的是western的图片，更好的选择是使用同样宽度的western图片，这样可以做到图片整齐，排版精美
问题5：排版问题，图片右下角有一块空白，这是图片排版时的大忌，我们在发表论文时通常采用矩形布局，我们希望把矩形面积用足，而不是留下大片的空白区域
调整的方法：把原图中上下分布的布局调整为左右排布，把Fig.3c等比例拉大，放在整张图片的最右侧，充分填满图片的空白区域

Fig.4 敲减PICSAR可以抑制肿瘤细胞的增殖和转移

问题1：边界问题，一般而言，每张图片的标签都应该位于小图的最左上方，也就是标签的位置界定了小图的左边界和上边界
但是，在Fig.4a中，Y轴的标签略为偏左，超过了标签界定的左边界，在Fig.4c中，p-ERK/ERK的注释更是超过了标签界定的左边界
问题2：Fig.4b中Y轴的刻度线过于密集，保持5-7根是比较合适了
问题3：Fig.4b中Y轴的轴标题过长了
问题4：空格问题，按照英文的文法习惯。Fig.4d的”0h,16h和24h”都需要在数字和字母之间加空格
问题5：图片对比度问题，整张Fig.4d如果不是作者用线绘制出了细胞覆盖区域的边界，仅仅从图片自身对比是没有办法把细胞覆盖的区域和没有细胞覆盖的区域分开的，这样的图片质量不够好，对比度也不够强
问题6：图片排版问题
- 对于作者进行图片排布的逻辑表示不理解
- Fig.4a说明的是针对PICSAR的敲减实验效率显著，Fig.4a的这两张图片虽然实验目的是一致的，都是说明敲减效率显著，但是使用的方法是不同的，上半部份是qPCR，下半部份是ISH，也就是说a图的拼图原则是只要实验目的一样，方法不同也可以拼在一起，如果这个原则一以贯之，那Fig.4d和Fig.4e也应该拼在一起，因为这俩都是划痕愈伤实验，实验目的和实验方法都一样，但是作者把这俩拼成了两张图
- 其次，Fig.4a分为了上下连个部份，但显然是下面的ISH占用了更多的空间，导致Fig.4a不是一个矩形，而是呈现为一个不规则的图形，Fig.4d和Fig.4e也是一样的情况，整个图片的布局是非常别扭的
- 一个可能的调整思路：把Fig.4a的下半部份稍微缩减，让Fig.4a上下平齐，同时，调整Fig.4d和Fig.4e让他们进行平齐就可以了

Fig.5 敲减PICSAR后，下游基因的表达变化

问题1：图片的边界问题
Fig.5a和Fig.5c定义的图片左边界并不平齐，其实在Fig.5a和下面的Fig.5c、Fig.5d包括Fig.5e之间是有不少空白空间的，因此建议把Fig.5a适当放大，把Fig.5a和Fig.5c-e之间的空间尽量填满，另外一方面也建议让Fig.5a整体左移，让Fig.5a和Fig.5c定义的左边界尽量地对齐
问题2：实验质量问题，具体说的是wb的结果，Fig.5f中ERK的显影尤其差，边界模糊，呈现出SMEAR的状态，不得不让人产生疑问，Fig.5f使用的蛋白样本是否发生了降解，总之对于Fig.5f这个水平的结果，审稿人真的可能要求打回去重新实验，提交质量更好的数据