文章的科学假设和论证套路
- 论证套路
- PICSAR有变化，变化和表型相关
- PICSAR的上游
- PICSAR的下游（很土豪地做了第二个RNA-seq）
- 动物实验（蜻蜓点水，点到为止）
- 数据来源
* 图片的顺序不重要，作者的编排罢了
* 标本的结果放在最后验证，这种结果很常见，很多科学家都这么做
* 医生做课题，从标本出发的逻辑会更加合理一些
另一种理解方法
- 先证明有表达差异
- 然后去做表达差异和表型的验证
- 之后去做机制（上游用抑制剂，下游用了筛选，最后回到明星通路）
- 最后补动物水平的表型验证，打完收工
读图片
Fig.1
- 作者找了一堆细胞去筛选LncRNA
- Fig.1a图是heatmap热图，颜色越深表达越高
- Fig.1b-c是qPCR的检查结果，特异性看上去不错
- Fig.1d：RNA荧光原位杂交去检测亚细胞定位，发现定位于细胞浆
- Fig.1e：很可能是后补的，裸鼠成瘤的组织显得非常突兀，做的是动物组织的表达定位
Fig.2
- 作者选了不同分期的皮肤癌
- RNA原位杂交去检测，证明分子的表达和肿瘤的恶性程度正相关
Fig.3
- 上游机制的研究结果
- 研究套路/逻辑：如果研究的疾病和表型已知是和某些通路相关的，而且我们有作为研究对象的靶分子，那我们可以用一些通路的抑制剂去处理细胞，看看哪些通路的抑制剂可能会影响我们的靶分子；通路的作用比较广泛，抑制剂可以多选一些
- 先聚焦通路-通路分支路-筛支路
Fig.4
- 功能表型和简单的下游机制
- Fig.4a：用RNAi的方法，用siRNA去沉默LncRNA；用qPCR和RNA原位杂交做沉默验证
- Fig.4b：细胞计数，数据进行了归一化处理，和生长曲线说明的问题是一致的，三个点的数据做折线图并不好看，所以用折线图来表示，抑制了PICSAR之后细胞生长是会变慢的
- Fig.4d-4e是另一个肿瘤细胞相关的表型——迁移表型，用划痕实验
- Fig.4c中，作者围绕MAPK通路进行了下游的机制检测，在沉默了PICSAR之后，磷酸化的ERK1/2和增殖指数Ki-67显著下降了
Fig.5
- 纯下游机制的结果，在前面ERK通路的内容中继续深挖
- 用PICSAR沉默后的三株细胞去做RNA-seq——土豪啊啊啊
- 经过常规的生信分析，文章聚焦到了常见的信号通路和功能聚类，作者在热图的结果里找到了分子家族DUSP，这个家族的一堆分子都有变化（Fig.5c）
- 查查资料：DUSP家族是MAPK信号通路的磷酸酶，作用是对p38，JNK和ERK进行去磷酸化
- 进一步选择DUSP6，因为这个分子有报道是ERK2的特异性负调节磷酸酶，经过qPCR和western的验证都表明，DUSP6能被PICSAR调控，到这里分子机制就能自圆其说了，PICSAR负调节DUSP6，而DUSP6负调节ERK，所以PICSAR和ERK是正相关的
- 在多元变量体系里，证明彼此之间是相互依赖的关系需要用rescue策略，Fig.5F做的就是DUSP6的抑制剂rescue实验，抑制PICSAR，作用应该是上调DUSP6的，如果把DUSP6的上调用抑制剂阻断掉，去看看这种情况下PICSAR对p-ERK的调控还有没有，结果证明没有DUSP6，PICSAR对p-ERK的调节作用就显著减小了，这个实验数据如果能rescue，实验数据的说服力就上了一个台阶
Fig.6
- 太简单了，就是动物水平的结果
- 裸鼠成瘤实验，看肿瘤大小和重量，肿瘤切下来再用marker去染色
总结：实验技术路线图
