使用的文献:Long Noncoding RNA PICSAR Promotes Growth of Cutaneous Squamous Cell Carcinoma by Regulating ERK1/2 Activity

- 在研究LncRNA时,我们通常会采用高通量筛选,从而获得几百甚至上千个表达获得差异的候选分子;候选分子的数量实在是太庞大了,在这样的情况下对单个基因进行GO/Pathway分析也会非常地没有效率,是不现实的
- 在本节内容中,我们介绍对一系列的候选分子,该怎样进行GO和Pathway分析,以便构建下游的信号通路和网络
可以选用的网站和工具
- Gene Ontology Consortium/PANTHER
- Panther pathways可以看作某种精简版的信号通路分析
- 相对地,Reactome是完整版的分析,其使用的数据库会更加完整
- GO分析也有两种:GO slim/GO complete
- DAVID数据库(在生信全书中出现过,见那里)
- GORILLA网站:只能进行GO分析,但是方法简单,可视化效果也非常好
- Choosing Running Mode参数选择:Single Ranked List of Genes
- GORILLA网站会优先识别基因名称,如果是其他类型的数据,请使用基因ID转换工具
- 在分析类型中建议选all
- 网站会给出一张图,质量非常高