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LncRNA研究套路 Lesson 15 单基因GO和Pathway分析

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LncRNA
生信分析

使用的文献:Long Noncoding RNA PICSAR Promotes Growth of Cutaneous Squamous Cell Carcinoma by Regulating ERK1/2 Activity

  • 在研究LncRNA分子的时候,研究LncRNA分子与miRNA/mRNA/蛋白之间的直接相互作用是对于LncRNA分子直接作用机制的研究
  • 而更多时候,我们在探究LncRNA功能的时候,研究的往往是LncRNA下游的间接功能和机制,在这种情况下,通常会采用敲减或过表达LncRNA分子,再通过高通量芯片筛选或测序,研究在敲减或过表达LncRNA分子的条件之下,下游编码蛋白的mRNA水平的相应改变
  • 通过设定一个阈值,通常是表达差异变化FoldChange≥2倍,也就是Log2FC≥1,就能获得表达受到LncRNA显著调控的候选分子列表,对这些候选分子功能和作用的研究构成了我们研究LncRNA分子下游功能和机制的主要方法和依据
  • 对候选分子进行分析的时候,最常使用的两种分析是GO分析和信号通路Pathway分析
  • GO通过建立一套具有动态形式的控制字集control vocabulary,用于解释真核基因以及蛋白在细胞中扮演的角色;除了GO分析之外,对于分子的信号通路Pathway分析也是另外一种非常常见的分析方法
  • Reactome挺好用的,在获取一个基因的功能时,界面精美,内容准确
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