使用的文献：Thyroid transcription factor 1 enhances cellular statin sensitivity via perturbing cholesterol metabolism
回顾前两门套路课文献的数据结构
- LncRNA的文章特点是没有从功能基因的临床研究入手，而是从高通量筛选入手，筛选是很多文章获得创新主变量的手段，尤其是LncRNA这种比较新颖的分子类型，可以从前人那里借鉴的文章数量会比较少，自己筛是一种更有可行性的策略
- 对于LncRNA，自己筛就需要提供亚细胞定位的数据，同时表达差异的数据也不能少
转录因子论证格式
- 很多医生做科研，梦寐以求突破5分，而做间接机制哪怕是三元的，也很难上5分
- 最简单的二元直接套路，IF就是5分起步了
主变量永远只有一个
- 享受单变量论证的套路规范：表达差异、正反回复、细胞动物
- 一般上来先做表达差异，医学研究从样本中的表达差异开始是常规套路
- 模型层面：细胞+动物是标配，细胞要求多种类型，至少有高表达和低表达的配对，这样才有一正一反分子操作的完美对象
- 操作手段：过表达可以搭配功能失活突变体，RNAi可以和CRISPR相互佐证
- 单变量+rescue才能称得上是完美
- 在实验方法和分子标志的层面，一个表型多个实验来回验证和多个标志物证明一种表型都是规范化的论证动作
二元变量论证规范
- 本质上是“你动我也动”的调控关系证明，操作上游分子检测下游随之而动的情况
- 再引入一个变量需要创新的交互关系，寻找新变量也要经历筛和猜的过程，这部份选分子的策略和主变量的筛/猜略有不同：主变量的筛/猜几乎只强调新颖性，机制因变量的筛和猜主要负责解决表型联系的问题，一般都是找已知和表型调节相关的明星分子
- 因为找的是明星分子，所以就出现了本文这种利用商业化试剂盒，针对一群明星分子，进行小通量筛选的做法，这就大大降低了筛选的门槛和难度
- 一旦确定了调控关系，模-法-标的重复策略依然使用，用多个模型和多个实验方法，来验证调控关系，是强化论证的必要手段
- 具体到转录因子，这一步要做的是上调或下调转录因子，观察靶基因的变化，可以和观察表型的重复实验合并进行，同步收样品检测，提高工作效率。
- 调控关系+回复验证才是标准的二元变量论证规范，回复验证的口诀看下图和这篇文档：
直接作用论证规范
- 依据交互分子类型的不同，会各自形成套路
- 转录因子是研究启动子启动活性的调控，以及验证蛋白结合DNA，有三种经典实验，可以复习三十六策 Lesson 16的内容，Luciferase一定会选，因为最容易操作，其他两个任选其一，这种1+1的结构是基本配置，1+2会更加出色
- 有了相互结合的结论，剩下的问题就是具体在哪里结合，结合的位点就基本跑不了了。全长的启动子可以结合的话，分段看哪部份结合就是顺水推舟了，除了工作量看不到任何难度。
表型嵌套
- 增加文章的层次感，补充内容，论证过程会稍微复杂一些
- 两个表型是有主有次的，一般来说，离主变量更近的就是主要的表型，需要重点讨论。
总结
- 这样的课题，我们还是一上来先完成单变量论证，然后把表型嵌套的逻辑解决掉，解决的方法是证明必要性，操作主变量+阻断第一个表型，观察第二个表型的变化，也就是二元rescue实验，这样就能证明表型之间的强关联。
- 接着进入二元变量的调控关系，也就是做机制，有些人做到了“你动我也动”就结束了，这是很可惜的，因为后面还有“我不动，你动也白动”的rescue环节，变量间的rescue同样是为了证明强关联，操作两个变量，从而观察表型回复，从而得知变量间的调控对于主变量调控表型是否是必要的。
- 最后，搞定转录因子直接作用的一套规范论证，五个步骤实现两个变量+两个表型的四要素逻辑闭环
- 从数据完整性的角度，还可以加入临床相关性论证和动物实验论证
按照我们总结的内容看看这篇文章做的怎么样
- 单变量论证的内容缺了动物水平的论证
- 针对胆固醇代谢的表型，实验内容比较简单，这可能是因为表型的特性，如果一个表型有多个经典实验，那么常规来说是要全部做到位的。如果没有那么多，就可以省力一些了。
- 建立表型间的逻辑嵌套，这里是需要进行rescue实验的，有些表型之间的联系过于紧密，会导致研究者省略这中间的必要性证明，但是表型之间是否有cross-talk是一回事，研究的主变量是否依赖这种cross-talk是另一回事，有很多路可以走，但是为什么偏偏选了这一条是我们要论证的内容，但是这篇文章并没有这些内容，就只有主变量针对于第二个变量的单变量论证了，这篇文章省略了太多内容了。
- 接着来到二元变量论证，有RNA有蛋白，作者还分成了2个图，做了多株细胞、多个实验，这些都达标了，但是建立变量间嵌套关系的rescue内容没有出现，被省略了，这就是非常遗憾的不足了。
- 这种不足依靠接下来的直接作用机制转移了一些注意力，但是I cannot do it with a broken heart，只能转移注意力，不能掩盖这一篇文章的不足
- 这部份转录因子的研究内容，既然是套路课，就是我们学习的样板，做法值得参考
- 最后还有数据完整性的两部份规范，在前面两讲套路课我们其实学过不少了，这篇文章这部份的内容乏善可陈，复习之前的内容就好了。
