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 转录因子

使用的文献：Thyroid transcription factor 1 enhances cellular statin sensitivity via perturbing cholesterol metabolism

根据文章论证内容构建论证逻辑

Fig.1

一眼看去，Fig.1的六张小图表现差不多，这种散点图往往出现在表达水平分析的部份，这就是单变量论证套路中表达差异部份经常会展现的结果，第一眼可能会误认为是检测主变量检查的数据
实际上不是的，第二眼我们看这些图的标题，Fig.1a-c的标题分别是TC，FC和CE，Fig.1d-f全是检测TC，并不是检测TTF的表达，Fig.1a和Fig.1d-f检测的指标一样，区别在于使用的细胞株不一样
Fig.1a-c之间的差异是，细胞模型一样，但是检测的指标不一样
关注一下Fig.1d中出现的HDD分组，图例如下，关注关键词mutant
这个分组存在的逻辑：对于RNAi实验来说，空载体不是最好的对照，加了打乱序列的siRNA才是更加严谨的阴性对照；对于过表达来说，空载体不是最严谨的对照，把蛋白关键结构域突变掉，导致功能失活的表达载体才是，这个HDD正是转录因子与DNA结合的结构域进行失活的突变体
Fig.1f使用了CRISPR基因编辑工具，H358后面的B10和F3是做CRISPR实验时所挑选的诸多单克隆抗体中的其中一两个

TTF-1调节ABCA1的RNA表达——直接机制内容
Fig.2b：过表达TTF-1，发现ABCA1的mRNA表达水平升高了
Fig.2b和2d、2f的数据类型是完全一致的，都是柱状图，纵坐标都是ABCA1的mRNA表达变化倍数，我们可以发现差别就只有细胞模型，再联想Fig.1的内容，
Fig.2b和2d、2f的数据类型是完全一致的，都是柱状图，纵坐标都是ABCA1的mRNA表达变化倍数，我们可以发现差别就只有细胞模型，再联想Fig.1的内容，我们就可以发现Fig.2的数据排布逻辑和Fig.1是一致，或者说前后呼应的。
Fig.2a和Fig.2c的内容和这组图片中的其他不同，出现了很多其他的分子，Fig.2a在不读Results部份的时候作者也不知道在做什么，只知道在做某种程度的筛选，因为图中展示出了3-fold UP和3-fold Down的标注，找的是TTF-1过表达时，脂代谢相关的差异表达基因。
看了结果部份的阐述，我们会知道作者使用了通量化的PCR检测试剂盒，把表型相关的明星分子都筛了一遍
Fig.2c中，作者验证了不只一个分子，而是许多表达阳性的分子

机制研究的核心环节，验证TTF-1对ABCA1启动子转录活性的调控
Luciferase和ChIP串联qPCR，总计2种方法
Fig.4a和Fig.4e都是模式图，不是实验结果
Fig.4b：过表达TTF-1可以增强ABCA1启动子的转录活性
Fig.4c：把全长1kb的ABCA1启动子分为3段，发现绿色区域是被TTF-1调控表达最多的，提示可能绿色区域是转录调节区域
Fig.4d：预测潜在的结合位点，把M1和M2进行位点突变，结果证明这两个位点对于结合都是必须的（因为没结合活性下降），尤其是M2，突变后的水平几乎和对照组一样了，那就说明TTF-1突变后完全依赖于这些位点
一种方法分析完，换另一种方法再来一次是基础科研的核心思想，或者说套路之一，Fig.4f提供了免疫共沉淀的结果，在免疫沉淀TTF-1的DNA-蛋白复合物中，能够检测到ABCA1的启动子，就能证明它们有结合效应

机制在Fig.4到达顶峰，Fig.5做的是表型的内容
换了个检测指标，cholesterol effluxes，也就是胆固醇外流的指标是有试剂盒的
4个小图，用的细胞是不一样的，A549是肺癌细胞，BEAS-2B是肺正常上皮细胞，鼠389T2和394T4是TTF-1表达阴性和阳性的配对细胞，前面三个小图是过表达，第四个是先对TTF-1进行siRNA干扰，然后再回复的结果，可以复习三十六策 Lesson 9关于单变量回复实验的策略。
摘录Results部份的说明，是一种rescue，而且rescue成功了

没有三四个要素串在一起的rescue环节
从数据的四维水平看，这篇文章的内容有些偏科，细胞表型和分子机制的内容总体来说比较细致，除了动物实验的小图，其他的内容都在这两个维度里，而组织水平的临床相关性研究只在补充材料里，分析了主变量和因变量的表达相关性，没有自己的标本检测和配合临床资料的统计分析，在数据完整性上有所欠缺