使用的文献：Thyroid transcription factor 1 enhances cellular statin sensitivity via perturbing cholesterol metabolism
- 在本节内容当中，我们就文章的作图规范进行解读。这篇文章发表在Oncogene杂志上。Oncogene是一本老牌杂志，对于数据的严谨性和作图的规范性要求还是比较高。所以总体而言，本篇论文的作图质量还是不错的，但依然有一些地方值得商榷。
Fig.1
- 在Fig.1中，第一个问题是图片对齐问题。Fig.1的a、b和c都是XY散点图。这三张图的模式是类似的，因此在一般性的作图规范中，我还是建议大家可以把三张图的X轴调整到统一的水平线上。同理，Y轴的高度也可以调整成统一的样式。
- Fig.1的第二个问题是Y轴的标注问题。Fig.1的a、b和c是在不同条件下检测细胞内胆固醇的含量。差别在于a检测总的胆固醇含量，b和c分别检测游离胆固醇含量和酯化胆固醇含量。但是在a和b图的Y轴标注当中都标注为relative cholesterol level，而唯独c标注的是relative level。所以更好的做法是整张图的Y轴统一标注成relative cholesterol level。
- Fig.1的第三个问题是d和e的X轴标注字体大小不统一。Fig.1的d和e都是在细胞内通过表达TTF-1从而检测细胞内胆固醇的含量。d和e的检测手段、方法、实验类型都是类似的，差别在于细胞体系不同。因此d和e应该是类似的数据图，数据的展示方式也应该相似。但是e中X轴标注比d的X轴标注所用的字号要明显更大。
- Fig.1的第四个问题是数据展示的顺序问题。普通人的阅读习惯是从左至右，因此在数据展示的时候都习惯于把空白对照放在左侧，实验组放在空白对照的右侧，但是Fig.1a中却是先展示实验组再展示空白对照组。这种数据展示的顺序是和普通人的阅读顺序相悖的。
- 还有一类实验当中不仅含有空白对照，还含有阳性对照或者是阴性对照，譬如Fig.1d。EV是空白对照，HDD类似于阴性对照，TTF-1是实验组。对于这一类既有空白对照又有阴性对照或者阳性对照的实验该如何进行数据的排序呢？通常有两种方法。
- 第一种方法是按照从左至右先展示空白对照，然后展示阴性或者阳性对照，最后展示实验组。
- 还有一种方式是依然最先展示空白对照，然后展示实验组，最后展示阴性或者阳性对照。
- Fig.1d采用的是第二种方式进行数据展示，但是无论采用上述哪种方式进行数据的展示都会把空白对照放在最左侧，用以符合读者的阅读习惯。
- Fig.1的第五个问题是小图的边界问题。按照约定俗成的习惯，每一张小图的标签应该位于每一张小图的最左上角，这就意味着数据图表的最左侧边界和图表的最上方边界不能超过小图图标的位置。我们以Fig.1b为例，Y轴标注的最左侧边界比b图图标的位置更靠左侧。
- Fig.1的第六个问题是星号格式的问题。这个问题很微小，以至于绝大多数学员都会忽略。因为Fig.1中采用的星号都是五角星形的形状，但是在Fig.1的图注当中，研究者却采用了米字型的星号样式，所以图片中的星号和图注当中的星号样式需要统一。
Fig.2
- Fig.2的第一个问题是X轴和Y轴的小标签。在Fig.2当中，除了a之外，其他的小图，无论是X轴还是Y轴，都有小标签。唯独a的X轴和Y轴没有小标签，所以从风格样式统一的角度讲，还是应该给Fig.2a的X轴和Y轴加上小标签的。
- 图2的第二个问题是图片对齐问题，以Fig.2e和f为例。这两张图的X轴并不处于一条水平线上，这个问题在Fig.1当中也是有的。
- 图2的第三个问题是X轴标注和Y轴标注字体差异太大。在Fig.2f当中，X轴标注所用的字号比Y轴标注所用的字号大很多，这样会导致整张图片看起来非常的不协调。
- 图2的第四个问题是Y轴标注不同。图2的b、d、e、f四张图都是检测ABCA1、mRNA的水平高低，但是b中ABCA1所有字母全部大写，而在d、e、f三张图中ABCA1只有首字母大写，因此需要采用统一的Y轴注式进行标注。
- 图2的第五个问题还是小图的边界问题。每一张小图的标签应该位于每一张小图的最左上方，所以数据图表的最左侧边界和图表的最上方边界不能超过小图图标的位置。但是研究者在本篇论文中每一张数据图表当中Y轴标注的最左侧边界都比小图图标的位置更靠近左侧。研究者在本篇论文的数据作图中普遍犯了这个错误，因此之后的数据分析当中，对于这个重复性的问题我们就不再进行重复和强调了。
- Fig.2的第六个问题是星号标注问题。图2的b图、d图、e图、f图中采用的星号都是五角星的样式，但是在图2的c以及Fig Legend当中星号都是米字型的样式。类似问题在图4和图6中也出现了。出现这种状况的原因可能是因为数据作图和写文章是由不同的人完成的，而且在论文成稿以及投稿过程中也没有人仔细去审核这些小细节而导致的。
- Fig.2的第七个问题是排版格式的问题。在Fig.2的排版当中，一个非常明显的问题是f相对于e明显的偏高，f相对于c又明显的偏左，这就导致整张图片在右下角出现大片的空白区域，使得整张图片失去平衡感。更好的方式是使f向右下角移动，填补上右下角的空白，这样可以让图片看起来更加平衡。
Fig.3
- Fig.3当中最主要的是Western图片有些地方需要和大家深入探讨。首先是Western条带截取不平。在实验的时候，由于种种原因，跑出来的Western条带不是那么平。我们在进行数据展示的时候，完全可以通过PS软件调整图片的角度，使得我们要展示的条带处于水平的位置之上。
- 在实验当中，研究者选用β-actin作为内参，但是内参的条带曝光过度了。内参的目的是为了证明每一种条件之下，蛋白的上样量是相同的。所以所有的目的检测条带只有在内参相同，也就是上样量相同的条件下，才有相互比较的意义。如果内参过曝，会完全掩盖掉内参之间的差异，会给实验带来干扰。
- 在图3a中出现了多余的标注。图3a在图片最上方标注的1234是没有意义的，实属多余。就算去掉这个标注，也不会影响图片所要表达的信息，因为Fig.3a的Western实验总共进行了四道。第一道是空白对照，第二道和第三道都是野生型TTF-1过表达实验组，第四道是homeo domain缺失的TTF-1阴性对照组。其中第二道和第三道的实验条件完全相同，只是两次实验的重复。即便没有图片上方1234的标注，我们同样可以通过图片上方野生型TTF-1和homeo domain缺失TTF-1的标注掌握所有信息，所以说1234的标注是多余的。
- 最后，关于数据解读。研究者在论文当中言之凿凿地断言，野生型TTF-1过表达之后会导致ABCA1蛋白表达显著升高。而Fig.3a的第三道结果表明，野生型TTF-1过表达之后，ABCA1的蛋白含量从1升高到1.29。但是在Fig.3a的第二道结果却表明，野生型TTF-1过表达之后，ABCA1的蛋白含量从1升高到了1.03。这几乎就是表达没有变化的。那到底ABCA1的蛋白水平在野生型TTF-1过表达之后升高了吗？抱歉，我很难进行判断。
- 第二个需要注意的是，在Fig.3a当中过表达homeo domain缺失的TTF-1，ABCA1的蛋白表达却会明显地降低，从1降到0.44。再参考一下Fig.2c，在细胞内过表达homeo domain缺失的TTF-1之后，ABCA1的mRNA水平相对于空白对照而言几乎没有变化。从理论上进行分析，homeo domain缺失的TTF-1没有能力结合DNA，也就不能对ABCA1的转录产生什么影响。所以ABCA1mRNA几乎不变是完全合乎逻辑的，但是在mRNA几乎不变的情况下，ABCA1的蛋白却降得如此厉害，这中间是否会有其他机制呢？研究者并没有关注这个问题。
Fig.4
- Fig.4当中，研究者又犯了几个他通篇都在犯的普遍性错误。第一个是米字型星号和五角星型星号两者混用的情况。第二个是小图的Y轴标注，最左侧边界都比小图图标的位置更加靠近左侧。这些问题我们在上面分析中都已经提到过，所以就不再重复了。
- 第三个问题是Y轴的标注。在Fig.4b当中，Y轴的标注RLU离Y轴的距离太远，都混入到Fig.4a当中去了，这会给文章的读者在阅读时带来比较大的困扰。
Fig.5
- 原本应该是一张非常规整的数据图，研究者在不同细胞系和不同条件下，检测细胞内的胆固醇外排现象，四张图完全可以做到上下对齐+左右平齐。但这里除了没有做到对齐和平齐之外，还有标注字体不一样的问题
