使用的文献：Thyroid transcription factor 1 enhances cellular statin sensitivity via perturbing cholesterol metabolism
- Oncogene算是肿瘤学的老牌期刊
- 两个表型：他汀敏感性和胆固醇代谢，表型嵌套设计（via），and通常是平行嵌套，但是via就存在推到了，而且他汀类药物本来就是胆固醇合成限速酶HMG-CoA的抑制剂，基础知识还是要有的。
- 题目里没有看到机制，但是IF>7的文章是不可能没有机制的，把主变量TTF-1的靶基因做了去提供机制是非常有可能的
基础科研三变量五恒量
- 转录因子在变量中属于分子的范畴，是具有转录调节功能的一类蛋白，所以本质上也是功能基因编码的产物，属于功能基因的范畴，我们在套路课·功能基因部份讲过的内容同样适合这里，只是细节部份会有一些特色。
从基因结构理解转录因子的特点
- TTS：Transcription Termination Site，转录终止点
- TTS附近，通常是上游（也可能在下游）会有一段调节转录终止的序列，称为终止子terminator，和启动子一样，转录的终止也需要蛋白的参与，这些蛋白在DNA上也有结合位点
- 3’-UTR：3’-untranslated region，转录成RNA后，接受转录后调控的序列，也不在编码区中
- 基因的编码区CDS是由内含子和外显子串联而成的，转录出来的初级RNA(核不均一RNA，hnRNA)会经过初级加工，拼接外显子，切除内含子，形成成熟体。
- 在第一个外显子的上游还有一段区域不被转录，那是5’-UTR
- 5’-UTR的上游就是转录起始的位点TSS，transcription start site
- TSS上游就是启动子序列，用于结合RNA-pol启动转录
- 启动子的上游还可能有增强子这样的结构，用来调控转录的过程
- Flanking sequence：侧翼序列，主要起调控的功能；转录所需要的调控序列存在于DNA上，在转录过程中就已经发挥作用了，没必要转录出来；而翻译过程的调控序列在RNA上，就需要一同转录出来
- 所以，一条RNA并不是只有编码区coding sequence,CDS，而是也有侧翼序列的，那就是5-UTR和3’-UTR，基因转录后发生调控的核心场所就发生在两个UTR上。
- 真核生物的5’-UTR会有加帽，也就是图中的Cap，帽子的作用在于便于与核糖体结合；3’-UTR会加上poly-A尾，其作用除了保证mRNA的稳定性外，还是把这条RNA从细胞核转运到细胞质的信号。
- 转录因子的特色：转录因子是与基因的启动子或增强子结合，促进或者抑制转录起始的蛋白，一个转录因子可以成为一系列下游基因转录的开关，在信号转导中处于重要的位置
- 转录因子和被其调控的DNA是一对存在相互交互作用的分子组合
读题猜要素
- 表型：statin sensitivity和cholesterol metabolism
- 模型：体外细胞，体内动物
- 检测方法
- 药物敏感性经典的实验是检测IC50，半数抑制浓度
- 胆固醇做法：估计是检测胆固醇指标和其他marker
看图对衡量
- 疾病：Lung Cancer
- 细胞模型
- A549是经典的肺癌细胞株
- BEAS2B-人正常肺上皮细胞
- NCI-H358是非小细胞肺癌细胞
- 鼠：394T4和389T2，私房武器，别的研究者建株的，研究人员有说是在哪里获得的
- 实验方法
- RNA水平的筛选，用来找TTF-1下游的靶基因
- 质谱：分析胆固醇代谢小分子marker
- 胆固醇外流实验：有试剂盒，表型标配实验
- qPCR和Western，流式：检测分子表达
- 转录因子研究的经典实验：Luciferase荧光素酶报告基因和染色质免疫共沉淀，见三十六策 Lesson 16
- 分子标记
- 补充：“对”字的含义：如果我们恰好是研究脂代谢方向的研究者，那么看这篇文章基本就不需要补充常识，直接比对恒量套路是否如我们所预期，和之前掌握的是否一致
- 如果一致，直接看后面的论证逻辑就可以了
- 如果不一样的模型、实验方法和分子标记就需要消化吸收，扩充自己的恒量库
分组辨套路
- 主要看针对模型的部份
- 从数据图的分组可以发现出来
- Gain of Function
- Loss of Function
- Rescue Assay：文章数据的加分项，针对主变量调节表型进行论证的时候，是可以有Rescue实验的设计的，如果一篇文章有多个变量，多元变量之间建立必要性的论证也需要rescue
- 一般来说有机制的文章，rescue的重点会放在变量间的回复效应上，同时操作两个变量，观察下游的变量或者是最终表型的回复，有了两个变量同时操作的rescue，常规会省略主变量自身的rescue，然而这篇文章不走寻常路，对主变量和表型之间的调控关系也做了rescue
读题识变量
- 主变量读题目就知道了，是TTF-1这个转录因子
- 靶基因：看Fig.2和3就能看到都在研究ABCA1
看图解机制
- Fig.4a是一张非常有特征的模式图，基本上有直接作用的机制，研究结合位点，都会有这样一张模式图，来阐明实验设计，下图说明作者把ABCA1的启动子全长1kb的区域分成了3段，每段之间有overlap，实验坐下来TTF-1结合的是绿色的区域，作者又对绿色区域进行了位点的突变，预测了两个结合位点
结果推结论
检索探背景
- 去GeneCards数据库
- 基因组定位，蛋白大小，mRNA信息等，这些都是开展具体研究工作的时候必要的信息
- TTF-1这个基因的转录本有俩，因为REFSEQ对应的mRNA信息有两条，针对RNA水平的检测设计引物请认准NM打头的内容，因为是NCBI官方认定的内容
溯源揭创新
- 这篇文章的创新点：创新的表型和机制
- 评价一篇文章水平高低的四条标准：
- 主变量与表型的创新
- 主变量和因变量在机制上的创新
- 机制的深度
- 数据的规范性
- 这个实验室之前发了一篇文章（下图），做TTF-1调控某个miRNA，然后miRNA的预测下游分子中，排名第一的就是ABCA1，所以可以看作某种程度上的延续性工作
- 这个实验室还发了一篇关于TTF-1的Review，围绕TTF-1穿梭于各种表型和疾病当中，这是科学家们做科研的常见做法，我们医学科研更细化锁定疾病和表型，换各种分子来套
