功能基因研究套路 Lesson 9 SCI作图基本原则

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文献范例：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26565812/

Fig 1

问题1:没有对齐

• 问题1:Fig.1A和1C，他们的X坐标轴应该在同一条水平线上
• 好的示范：Fig.1C和Fig.1F，这两张图片的Y轴是在同一条水平线上的，视觉效果会很齐整
• 问题2:Fig.1D和Fig.1E：这俩都是wb，检测的分子都是CISD2，内参也都是ɑ-Tubulin，唯一的差别是D图检测的是细胞系，而E图检测的是配对的病人样本，所以两张图的大小可以一样大，但Fig.1E中的条带显然较Fig.1D更加窄

问题2:字体大小

• Fig.1C中X轴的字体明显比Y轴大，而且大很多，显得很不协调；一般而言，X轴的标注字体和Y轴的标注字体应当是同样大小的

问题3:截取的条带是弯的

• 主要发生在Fig.1D中

问题4:线条宽窄不均一

• 如此明显的误差线差异显然是破坏了视觉效果的

问题5:坐标轴注释不均一

• 发生在了Fig.1D和Fig.1F中，明明检测的目标和技术都是一样的，但是用的坐标注释就是不一样

问题6:内参过曝

• Fig.1D中的曝光程度是合适的，但是E图来说就有过度曝光了（因为内参条带连成了一条线）
• 尽管低分的杂志社很可能不太在乎，但是我们仍然应该考虑类似于选择Fig.1D中合适曝光的图片

问题7:坐标轴的刻度问题

• 发生在Fig.1A和Fig.1C中
• Fig.1A的X轴有向下的刻度线，Fig.1C中没有；Fig.1A的Y轴有向左的刻度线，Fig.1C的Y轴刻度线朝右
• 一般而言，在一篇文章中，刻度线的朝向应该是统一的

问题8:图片的注释问题

• 发生在Fig.1E和Fig.1F中

Fig.2

问题1:图片不对称

• 发生在Fig.2A和Fig.2B中
• Fig.2A有四张图，Fig.2B只有两张，不平衡，给人感觉A重B轻，解决办法是多拍几张B图，让图片结构变类似就好了

问题2:图片顺序

• 习惯是从左往右：对照-实验组1-实验组2-…
• 不管怎样，在一篇文章中的顺序都应该保持一致

问题3:组织形态不同

• 没有说明Fig.2B中使用的，用来检测抗体特异性染色的组织，是不是和Fig.2A中一样的胃癌组织

问题4:图例的位置和大小

• Fig.2D中，图例的位置被放在了右下角，而且字体超级大
• 通常约定俗称的办法：图例放在图片区域的空白处，在这张图中，图例应该放在图片的右上角空白处，而且应该把图例的字体缩小

问题5:专有名词错误

• 具体说的是Fig.2C中的平均光密度MOD，具体说法下面两种的任意一种都是可以的，但是作者使用的似乎是两者的“糅合”
  

问题6:图片引述错误

• Results截图部份中的Fig.2B应该改成Fig.2A，Fig.2D应该改成Fig.2C

问题7:拼写错误

• Fig.2D中的“moths“真的直呼救命

问题8:图注释错误

Fig.3

问题1:GSEA数据展示问题

问题1.1 GSEA图的Rank部份没有展示出来

• GSEA的标准化数据样式如下
  
• 绿色的ES变化曲线
• 中间部份的竖线：“芯片数据子集”中的基因
• 杂交数据的排序序列/Rank
  
• Fig.3A只展示了上部和中部两个部份，最下面的杂交数据排序序列没有展示，数据表述不完整

问题1.2:ES的数据问题

• 同样是Fig.3A
• ES是可以不用展示的，因为这个数本身就是一个动态变化的数值，如果要展示ES，那展示的是最大ES值
• Fig.3A中，作者展示出的ES值是0.819，但是令人不能理解的是，上图的ES变化曲线都在0.8以下

问题1.3:没有展示FDR值

• 同样是Fig.3A
• 对于GSEA的数据，只看p值是不够的，一定要既看p值，又看FDR值

问题2:空格

• 出现在Fig.3C和Fig.3E中
• 按照英语文法的习惯，在英语单词和括号之间是要留出一个空格的

问题3:拼写错误

• Fig.3D和Fig.3E
• colony

问题4:代表性图片与结果不匹配

• Fig.3F左图中，在SGC-7901细胞系下，RNAi2的结果和RNAi1的细胞数量是有明显的差异的，但是在右图的统计结果中，RNAi1和RNAi2形成的细胞数几乎完全相同
• 对于低分（IF<10）的文章而言，审稿人可能不会太过在意，但还是建议注意“高标准严要求”。

问题5:结果引述遗漏

• 在结果部份缺少了对Fig.3A的引述

Fig.4

问题1:标注与方法不匹配

![[截屏2024-05-19 16.27.30.png]

• 在Results：锚定非依赖的增殖实验中，作者筛选的是>0.5mm的细胞群落，但是在Fig.4B和Fig.6E里说的是0.05mm

问题2:拼写

• Fig.4B

问题3:拼写统一

问题4:选取相同的组织位置

• 免疫组化选取的组织部位应该相同
• MGC-803细胞形成的移植瘤，100X放大的情况下，HE染色，CISD2免疫组化和Ki67免疫组化三者的形态是有所不同的，CISD2染色的组织形态与上面两个完全不一样
• 作者做实验的意图：通过移植瘤免疫组化实验，证实高表达CISD2的细胞也会高表达增殖marker-Ki67，通过这个可以证实高表达CISD2可以促进细胞的增殖
• 如果在挑选数据时，筛选的是形态明显差异的图片，会给审稿人带来疑问：选取的组织形态差异太大，免疫组化来源于两个不同的组织部位，而不同的组织部位=不同的细胞类型，不同的细胞类型进而表达不同的蛋白，作者选取的高表达CISD2和高表达Ki67的细胞会不会只是一个巧合
• 而上述的质疑是很难被审稿人完全解释的，因为不同组织这个差异是客观存在的
• 解决的办法
  • 不用免疫组化，而是使用可以同时染两种蛋白（也就是“双标记”）的免疫荧光方法
  • 使用免疫组化，同时使用连续切片的方法（在切片时对每一张切片都进行序列相连的编号，例如1-100连续不断，注意比如说15和14，还有16都是连续切片的关系，但是14和16不是）
  • 连续切片的好处在于：虽然两张连续切片之间的细胞不可能完全一致，但是在很大程度上，两张连续切片之间的细胞是高度相似的
  • 如果在实验中有：高表达CISD2的连续切片1+高表达Ki-67的连续切片2，那也可以证明高表达CISD2的细胞和高表达Ki-67的细胞是同一类细胞
  • 在荧光技术被发明以前，都是采用连续切片的方法证明两种蛋白具有共定位的
  • 免疫组化中，判断两张切片是不是连续切片，就要看它们之间的细胞是不是具有高度的相似性

Fig.5

问题1:拼写统一

• BrdU缩写有两种形式，BrdU或BrdUrd，在同一篇文章中书写形式应该统一
  

问题2:图片亮度不足

• 对于这四张图片而言，这四张图片的亮度是不足的，几乎处于一个全黑的状态
• 虽然可以通过后期PS的方式提高全图的亮度，但更好的方法是在前期拍摄的时候就把图片的亮度整体调高

问题3:专有名词错误

• FCS是哪个短语的缩写，作者在整篇文章中都是没有说明的
• 根据文章的内容反推，FCS指的是流式细胞学相关的内容，但是FCS值得是flow cytometry standard，也就是流式细胞学输出结果的标准文件格式，而不是flow cytometry，缩写为FC或FCM

问题4:柱状图问题

• 有的灰色柱子有边框，有的没有

Fig.6

问题1:GSEA数据问题

问题1.1:小数点位数

• GSEA的结果一般保留小数点后三位，如Fig.6A的上图
  
• 但是，不知道为什么，作者在Fig.6A的下图中，作者只保留了小数点后两位的内容

问题1.2 中彩票？

• 细胞周期检查点相关的GSEA结果和AKT信号通路相关的结果的ES值和NES值居然是完全一样的？？？

问题2:拼写错误

问题3：结果引述错误