- 文章关键词与含义
- prognostic value-文章做了临床标本的检测和统计分析
- cell proliferation-做了细胞实验，做的表型是增殖
- tumorigenesis-动物实验
- AKT signaling pathway-分子+通路的二元变量结构
复习：三十六策 Lesson 1
复习：三十六策 Lesson 2
复习：三十六策 Lesson 3
复习：三十六策 Lesson 4
- 一旦疾病和表型确定，用这两个关键词去检索文献，下载个7-8篇IF=5-10分的，一口气读完，就会有一种这些文章之间有一些东西是非常相似的
- 再仔细比对一下，就会发现在固定的疾病和表型要素下，所有的研究者几乎都会用差不多的细胞动物模型和实验方法，检测差不多的分子标志物，这些就是“套路”
- 把文献里学来的东西总结成卡片的形式，Disease-Phenotype Card，一张卡片理清五恒量要素
第一层认识：读题猜要素
- 示例的疾病：gastric cancer
- 示例的表型：cell proliferation
- 示例的模型：各种各样的肿瘤细胞系（体内研究模型）；裸鼠成瘤模型等
- 示例的实验方法：细胞生长曲线，克隆形成等；成瘤的动物要去拍照片，看看肿瘤的大小和重量
- 示例的分子标记：Ki-67指示增殖水平
第二层认识：看图对恒量
- 在IF=3-5分的层次，80%的数据结果都在套路里
- 以这篇文章为例，看图可以看到作者使用了5株细胞系，动物模型也做了，检测方法也都很经典
- Real-time PCR检测mRNA
- Western blotting检测蛋白
- Immunohistochemistry
- MTT做细胞生长曲线
- Anchorage-independent非贴壁依赖的增殖实验
- BrdU
- Flow cytometry analysis流式细胞学
- Colony formation克隆形成
第三层认识：分组辨套路
- 上调基因的表达，表现出对应的表型：Gain-of-Funtion
- 下调基因的表达，导致对应对应的表型消失：Loss-of-Function
- 实验设计的细节，通过观察Figure里的分组信息获取
- ⬆️两株细胞的过表达实验
- ⬆️同样的两株细胞的干扰实验
- 两个siRNA靶点，用来排除RNAi的脱靶效应(off-target)，RNAi实验的规范化做法
- 看到这些数据，发现这些东西和功能基因的证明方法没有出入，有细胞，动物，有过表达，有干扰，全世界做功能基因都是这个数据模式
- 分组变套路，是基础科研五恒量识别的高级阶段
第四层认识：读题识变量
- 分子：CISD2；通路：AKT
- 下游是为了回答目标分子调控谁，上游是为了回答目标分子被谁调控
第五层认识：看图解机制
⬆️关键的WB数据1，CISD2可以影响p21/p27/cyclinD1这些细胞周期相关的明星蛋白
⬆️关键的WB数据2，CISD2可以影响p-AKT，p-GSK-3β，影响FOXO转录因子家族的磷酸化
- 做了两个机制，但是题目里只有一个AKT pathway的原因：摘要里说p21/p27是Akt/FOXO已知的下游，另一个通路是次变量可预期的变化结果
- 仅仅揭示了CISD2可以影响AKT-FOXO pathway，没有说具体的机制，这说明这篇文章是间接作用机制研究，发到IF=5基本就是极限了
第六层认识：结果推结论
- RESULTS部份还是要读，会告诉我们在Figures中没有办法解释的细节
- 把结果和图对照起来读，通常这俩在SCI文章写作的时候就有一一对应的关系
- proliferation-细胞层面的内容
- tumorigenesis-动物层面的内容
- 读一遍RESULTS，就能得到文章逻辑推导的过程的理解，临床表达检测、统计分析-细胞表型-动物验证-分子机制
第七层：检索探结论
- 跳开这篇文章，在更广阔的角度审视文章的学术价值
- CISD2的研究背景是什么：功能基因用GeneCards数据库，只收录了人的基因注释信息
- 点进去看，可以发现这个基因的蛋白是锌指蛋白，这种蛋白往往有和核酸分子结合的能力，这就给我们做机制提供了一些参考
- 蛋白有与和铁/硫分子结合的能力，影响钙平衡和自噬有关，这些功能就足够引起我们的思考了
第八层：溯源揭创新
- 文章的学术价值，很大程度上来自于主变量CISD2的创新程度
- 考虑到作者在第二段引用的PNAS，CISD2和它的兄弟CISD1与乳腺癌增殖的关系早就大白于天下了，拿过来在胃癌做一下=移植性研究，不是完全创新的idea
- 另外一篇文章，宫颈癌的骨盆淋巴结转移中，CISD2是一个biomarker，这是第二篇和肿瘤和CISD2的论文
- 显然，创新的天花板已经很明显了
