- 疾病和表型确定了，尤其是表型参数确定之后，就会有了具体的研究细分
- 用疾和型的关键词去检索，可以获得一堆参考文献，去读几篇，不难发现它们会有着极其相似的实验设计，这就是我们学习套路的路径
- 首先总揽全局，研究同一疾病有哪些相关表型，宏观掌握
- 然后是精雕细琢，围绕具体的领域学习具体的研究套路
- 研究套路不是凭空产生的，都来源于文献的总结和借鉴，要善于归纳前人的工作
模：模型，model
- 明确了表型，模型就属于一种关联性的常识
- 模型由疾病和表型共同选择
- 疾病决定模型的种类
- 表型决定模型的特征，应该有生理或病理的特征
- 把模型理解成表型的注释是比较合适的，把原本抽象的表型具体化，变成养什么细胞，作什么动物，养什么标本
为什么需要模型：不能直接做人体实验
- 伦理：什么是对，什么是错
- 模型的根源：“己所不欲，勿施于人”，越是和人想象的模型，就是最好的模型
- 越是简单的模型，就越没有伦理的顾虑，但是和人的实际状况差距越远，模型所能代表人的程度就越差；最低的就是细胞模型了
- 但是，越是简单的模型就越稳定，实验的可重复性就越高，一个能够被广泛接受的科学观点一定要经得起检验，可重复
- 可以说，在疾病和表型定下来了以后，确定模型的第一个环节就是用什么细胞做实验，拿到细胞知道怎么养，往往是做科研的第一件事
- 另一个考虑的角度：细胞远比动物省钱
- 比较没那么有经费的策略：先细胞，后发文章或者接着做动物
- 不同种类的模型，以及如何正确表述
- in vitro 字面翻译是在玻璃里，也就是体外养细胞
- in vivo翻译过来是在活体内，也就是动物模型
- ex vivo翻译为离体，特指直接活体取材，皮肤，闹组织；一部分动物实验结束后取器官或组织进行分析，也可以称作ex vivo；体外培养的细胞体内回输，也可以称作ex vivo
- 如果生物材料不是直接取自生物体，而是经过商业购买的，转化而来的，筛选过的，永生化的细胞株，包括转基因操作过的细胞株，都是in vitro
- 细胞模型可以分为2类
- 商业化的细胞株，买来直接用，可以不断传代扩增
- 基于人体或者动物模型分离得到的原代细胞
- 能用细胞系/细胞株，就千万别碰原代细胞，有很多条件要自己摸，但是一些特殊的领域，缺血再灌注IRI的课题不一定避得开原代细胞
- 研究得比较多的领域，踩的人多了自然就有了路，就算没有细胞株可以用，分离培养原代细胞的方法也会更成熟，可能还有商业化的试剂盒
- 但是，如果有些疾病真的超级罕见，动物模型还可以做，细胞模型真的无，这种疾病就真的很容易做着做着整个人发现没信息而裂开，建议不要选
- 对初学者来说，模型用现成的可以说是“铁的纪律”
大多数文章在编排的时候都会把细胞放在一起，动物放在一起
- 养一批细胞做不同的细胞实验，然后养一批动物做不同的动物实验
- 只有少数文章会提出一个问题，然后一堆结果（细胞+动物+组织标本）的方式去呈现
- 不管数据是怎么呈现的，我们都能看到一个figure里面的实验数据可以区分为细胞实验，动物实验和人组织标本实验这三大来源
- 人不能直接用于实验，但是医学实验里可以用人的组织，或者原代培养的细胞来替代
- 组织标本可以用另一个专门的词去替代，这就是所谓的in situ，即在原位的意思，分离出来的原代细胞再研究，会被归入ex vivo的范畴内
- 除了细胞实验，动物实验和人组织标本实验这三大数据来源，还有一个数据来源是电脑模拟分析，生物信息学分析就是其中的一类，专业名词是in silico ，主要用于高通量获取疾病相关的分子上，或者是去预测分子之间的调控网络
- 细胞实验往往是基础研究中的大头，图比较多；还可以进一步区分
- 细胞表型研究——功能
- 分子调控关系，只是结合了分子生物学的方法，重点探讨分子关系（分子机制）
- 机制研究的数据应该专门划分出一个分类，称为分子水平的研究，识别这部分数据很重要（文章逻辑的难点）
总结：五个维度的数据
模型的分类
- 自发：疾病本身的状态就在模型里面有，有典型和特征性的表型
- 诱发：需要加药或某种干预条件（缺氧，高糖），来造成细胞的表现
- 对于细胞模型，有细胞系和原代细胞两种来源，然后再搞清楚建模过程需不需要某些干预因素
- 动物模型：最常见的是老鼠，分为大鼠和小鼠，最常用，研究的人多，基因组信息完善，对基因操纵比较容易
- 动物模型也可以分为自发模型和诱发模型，其中诱发模型是动物实验中最常见的类型
- 转基因动物模型：制作转基因动物的实验周期越来越短，价格也越来越亲民，可以说基础研究中的劳斯莱斯，可以提供更有说服力的数据（转基因动物模型>诱导建模的模型>细胞水平）
- 肿瘤的移植瘤模型：人的肿瘤细胞不能直接接种给小鼠，但可以接种给先天性胸腺缺失突变的小鼠，我们称为裸鼠（因为没有毛），在肿瘤研究中可以看到
- 另外一种肿瘤研究领域的模型是PDX模型：直接接种来自患者的肿瘤组织去形成移植瘤模型，这种会带有患者组织的特性，适合进行个体化治疗的模型
怎样获取模型套路和积累
- 一旦选定了表型，怎么获取模型套路：精度高分文献，读那些研究性的论著article，不用多，几篇就够了，用什么模型，怎么诱导，检测了哪些指标，做了哪些实验
- 一开始会很困难，但会慢慢好起来的，自己的课题也就几个细胞，一两种动物模型
- 提取模型的关键信息，硕博论文（中文）是不错的来源（适合0基础），对实验方法有详细的描述
- 从读review和看国自然中标的标书确定疾型的细分领域，再到读高分article找经典的实验设计，再到硕博论文里找实验细节的东西，1-2个月的实验很容易就过去了，至于操作窍门只能在实验中慢慢摸索了
- 在电脑里新建一个文件夹，把看到的常规的实验方法的描述全部记录下来，按照实验名称在文件夹里全部归类放好，这些就是写methods部分的材料
- 在做实验期间，就可以开始写methods部分的材料了，实验做完就可以整理数据，开始写results和figure
关于模型的更多认识
- 模型也可以看作是表型的评价体系
- 模型+检测方法+分子标记=表型这个抽象概念转化成具体的数据和图表，最后形成文章
