基础科研的细分领域划分依靠的就是疾病和表型,甚至表型一样而疾病不一样,在基础研究里也可以说大方向是差不多的
疾:疾病,disease
- 基础科学领域的疾病是一种“门派”,可以理解为研究的领域/身份识别特征
- 研究同一个疾病的两人,就是同一个申请代码之下的竞争对手
- 一项研究的特征不是由疾病决定的,而是由表型决定的
- 在申请基金的时候,我们通常会把疾病称之为临床问题,临床问题可以看作疾病的细分,一种疾病有N个临床问题(很可能是老板定的)
型:表型,phenotype
- 举例:有氧糖酵解,糖基化修饰,缺氧,微管失稳态
- 基础科研的表型是像临床医学专业词汇一样的另一套体系,临床医学专业词汇可以是中文也可以是英文,但基础科研的表型更多是英文
- 表型:发生在疾病背后的某种生理或病理过程,含义会比遗传学中的基因型-表型更加宽广,可以理解为细胞和组织的某种特定功能
- 是表型而不是疾病,决定了基础科研的研究套路(实验设计),可以理解为在基础科研中,更加普世的是表型而不是疾病
- 表型在申请基金的时候被称作科学问题,科学问题是科学家们定的(科学家们发现,医生跟风作就行),表型不一定要很忠诚,一个问题一个表型
- 在申请基金的时候,也可能表现为多个表型的嵌套或者集合,也就是一个科学问题可以囊括多个表型
- 表型可以分裂,也就是随着研究的细化,一个表型可以分裂细化为许多个小表型,比如说肿瘤转移是一个大表型,可以细化为下面五个小表型
- 肿瘤细胞怎么从实体组织中浸润出来,这其中包括了上皮-间质转化,即EMT的表型
- 肿瘤细胞怎么进入淋巴/血液循环,怎么穿过屏障
- 肿瘤细胞怎么在循环中存活,需要形成一定的干性stemness
- 肿瘤细胞还要从血管中出来,怎么从血管中渗出,到达被肿瘤决定的靶器官
- 肿瘤到了新环境后怎么适应新环境,走逆向的EMT,也就是MET过程
- 表型可以嵌套,也就是组合,专业术语cross-talk
- 某一些表型总是和另外一些表型放在一起研究
- 从同一个娘胎里生出来的表型自然有关系
- 区分是平行关系(衣柜里有七套衣服,每天换一套,顺序关系不重要,反正是每周一套衣服穿一天),还是因果关系(因为今天穿A,所以明天穿B,提升了科研故事的层次感)
- 相对平行嵌套来说,因果嵌套是一种更加好的设计
- 基础科研领域,表型之间的互相作用是科学家们的常见爱好,越是高分的文章就会越热衷于研究清楚这些cross-talk之间的关系,颠覆常识,刷新观念
- 表型具有通用性,可以跨越疾病一对多配对
基础科研的模块化思维 Reductionism
- 把一个复杂的事物一步一步拆解成一个简单的问题,形成最简单的构成单元
- 基础科学的五个恒量参数
- 疾病
- 表型
- 模型(以后讲)
- 检测方法(以后讲)
- 分子标记(以后讲)
- 医学研究的对象限定疾病,有很多套路,格式化的痕迹无处不在,比如阐释发病机制-寻找诊疗手段,又比如用分子来阐释一切变化
- 用分子间的变化,或者分子间的调控关系,来解释疾病发生过后的生理病理过程,也就是表型
疾和型之间的关系
- 临床医生的思维:先决定疾病,再决定要做什么表型
- 科学家负责拓展表型,临床医生负责连连看
- 读Review(一种疾病只要不是太冷门,每隔几年总会有领域内的大牛去写综述的,研究一种疾病的开始是精读近5年的Review,看看大家都在研读什么表型)
- 国家自然科学基金(已经获得资助的项目的题目是可以得到的,有一些表型在多个题目中都有涉及,产生全局性的认识)
- 表型是解释疾病的标签,有对应的生物学特征